Следователи признали, что сотрудники спецслужб имели право начать прослушивание разговоров сенатора за день до получения судебной санкции, поскольку был "безотлагательный случай".
С заявлением о незаконности прослушивания телефонных переговоров Чахмахчяна обратился в столичное следственное управление СК при прокуратуре адвокат Роберт Зиновьев, защищающий своего коллегу Бориса Кузнецова. В отношении последнего возбуждено дело о разглашении секретной справки ФСБ по делу Чахмахчяна, и в настоящее время по постановлению следствия проводится комиссионная судебная экспертиза с целью определить степень секретности упомянутой справки.
Сам Кузнецов с лета 2007 года находится в Германии, а в России его интересы в правоохранительных органах представляют адвокаты Генри Резник и Роберт Зиновьев. Зиновьев сообщил, что как ФСБ, так и судья Верховного суда Анатолий Бризицкий, давший санкцию на прослушивание разговоров Чахмахчяна с 23 мая 2006 года, нарушили статью 98 Конституции, гласящую, что члены Совета федерации обладают неприкосновенностью в течение всего срока их полномочий. В этой статье указано, что лишить действующего сенатора неприкосновенности вправе лишь Совет федерации по представлению генпрокурора. Между тем генпрокурор Юрий Чайка подал такое представление в Совет Федерации уже после добровольной отставки Чахмахчяна с поста сенатора и получил ответ от спикера Сергея Миронова о том, что Чахмахчян и так лишен всех привилегий, связанных с должностью, в том числе и неприкосновенности.
Столичное следственное управление, в которое обратился Зиновьев, разделило его заявление на две части: прослушивание разговоров Чахмахчяна в течение одного дня без санкции суда и его прослушивание еще две недели с санкции судьи Верховного суда. По второй части защитнику было отказано даже в проведении проверки. Первую же часть жалобы, касающуюся действий сотрудников ФСБ, следственное управление Москвы переправило в военное следственное управление, где в возбуждении уголовного дела против сотрудников ФСБ было отказано. Адвокат намерен обжаловать отказ в возбуждении дела в Следственном комитете при прокуратуре.
В конце июня Генпрокуратура завершила предварительное следствие по делу бывшего сенатора от Калмыкии. Экс-сенатору вменяется часть 4 статьи 159 УК РФ "Хищение чужого имущества путем мошенничества в особо крупном размере", которая предусматривает лишение свободы до десяти лет.
9 июня законодательное собрание Калмыкии приняло решение отозвать Чахмахчяна в качестве своего представителя, а 23 июня Совет Федерации снял с него парламентскую неприкосновенность. 1 февраля Чахмахчян был арестован.